市県民税と所得税では、人的控除（基礎控除・扶養控除・障害者控除等）に差があります。
（例えば基礎控除なら市県民税33万円で所得税は38万円より5万円の差がある）
平成19年度以降の市県民税において、国から地方への税源移譲により、市県民税の税割合が増え、所得税の税割合が減ることになりました。
税割合が増えた市県民税の控除額が少ない場合、税負担が増える場合がありますので、これを調整する税額控除を調整控除といいます。
※基礎控除額が消失する合計所得金額2,500万円超の納税義務所の場合、調整控除は適用せず、基礎控除額が逓減する合計所得金額2,400万円超～2,500万円以下の場合は従来通り基礎控除に係る人的控除額の差は5万円で調整控除を適用します。また、ひとり親の人的控除差については男性の場合1万円として取り扱います。
調整控除の計算方法は次の通りです。
（1）市県民税の課税所得金額が200万円以下の場合
人的控除の差の合計額と市県民税の課税所得金額のいずれか少ない金額の5％
（2）市県民税の課税所得金額が200万円超の場合
人的控除の差の合計額－（市県民税の課税所得金額－200万円）の5％
（ただし、この額が2,500円未満の場合は2,500円とする）
所得税で住宅ローン控除の適用を受け、かつ所得税では控除可能額が控除しきれなかった人のうち、所得税の確定申告書や給与支払報告書の内容から、以下の計算によって求めた金額を市県民税から控除します。
（1）平成21年～令和4年までに居住を開始した場合
所得税の住宅ローン控除可能額のうち、所得税で控除しきれなかった額と、
所得税の課税総所得金額等の5％（上限97,500円）のいずれか少ない金額
（2）平成26年～令和4年までに居住を開始し、消費税8％または10％で住宅を購入した場合
所得税の住宅ローン控除可能額のうち、所得税で控除しきれなかった額と、
所得税の課税総所得金額等の7％（上限136,500円）のいずれか少ない金額
所得金額が、市県民税の所得割の非課税基準を若干上回る場合、市県民税の所得割額を引いた後の所得金額が、非課税基準の所得金額を下回ることのないよう、税額を減額するものです。
所得割の調整額＝所得割非課税基準額（注2）－（総所得金額等－市県民税所得割額（注3））
（注2）35万円×(同一生計配偶者及び扶養親族の数＋1)＋32万円+10万円
（同一生計配偶者及び扶養親族がいない場合は32万円の加算はありません。）
（注3）調整控除・住宅借入金等特別控除・寄附金税額控除・外国税額控除・配当控除
がある場合は、その控除後の額。
下記4つの寄附金の合計額から、2,000円を差し引いた額に、県民税4％、市民税6％をそれぞれ乗じた金額が控除されます。
ただし、寄附金控除の上限額は、総所得金額等の合計額の30％以内となっています。
（1）都道府県、市町村若しくは特別区に対する寄付金（ふるさと納税）
（2）住所地の共同募金会または日本赤十字社の支部に対する一定の寄附金
（3）高知県が条例により指定した寄附金
（4）宿毛市が条例により指定した寄附金
外国で所得税及び市県民税に相当する税を課された場合で、所得税で控除しきれなかった額は、所得税の外国税額控除限度額の12％を限度として県民税所得割額から控除しますが、県民税所得割額でも控除しきれなかった額は、所得税の外国税額控除限度額の18％を限度として市民税所得割額から控除します。
市県民税の総所得金額の中に対象となる配当所得がある場合には、その者の算出税額から一定の金額を控除します。
（配当控除が適用されるのは、配当所得を総合課税として申告した場合に限ります。）
1．課税総所得金額の1,000万以下の部分に含まれる配当所得に対する控除率
（1）剰余金の配当・分配、利益の配当、金銭の分配、特定株式投資信託の収益の分配
●市民税：1.6％ ●県民税：1.2％
（2）証券投資信託の収益の分配（一般外貨建等証券投資信託を除く）
●市民税：0.8％ ●県民税：0.6％
（3）一般外貨建等証券投資信託の収益の分配
●市民税：0.4％ ●県民税：0.3％
2．課税総所得金額の1,000万を越える部分に含まれる配当所得に対する控除率
（1）剰余金の配当・分配、利益の配当、金銭の分配、特定株式投資信託の収益の分配
●市民税：0.8％ ●県民税：0.6％
（2）証券投資信託の収益の分配（一般外貨建等証券投資信託を除く）
●市民税：0.4％ ●県民税：0.3％
（3）一般外貨建等証券投資信託の収益の分配
●市民税：0.2％ ●県民税：0.15％
上場株式等に係る配当所得や株式等譲渡所得には、配当割や株式等譲渡所得割が特別徴収されるため原則申告は不要です。よって、所得税の申告（確定申告）をしない場合は、源泉分離課税となり課税は終了します。
しかし、確定申告をして課税方式（総合課税・申告分離課税）を選択し、市県民税の申告をしない場合、市県民税も所得税と同じ課税方式を選択したことになります。その場合、市県民税の合計所得金額には、配当所得や株式等譲渡所得を含めることになり、扶養控除等の対象になるか否かの所得判定や国民健康保険税の計算基礎となる所得も増えることになります。
市県民税と所得税で異なる課税方式（総合課税・申告分離課税・源泉分離課税）を選択する場合には、市県民税の税額決定通知書が送達される日までに、確定申告書とは別に、市県民税の申告書を提出し、市県民税の課税方式（総合課税・申告分離課税・源泉分離課税）を申告する必要があります。
また、確定申告書の住民税に関する事項「特定配当等・特定株式譲渡所得の全部の申告不要」欄に○を記入した場合、確定申告した特定配当等・特定株式譲渡所得の全てについて住民税で申告不要となりますので、その場合は別途市県民税の申告書の提出は必要ありません。
※ 総合課税・申告分離課税を選択した場合、特別徴収された配当割や株式等譲渡所得割は、市県民税の所得割額から控除し、控除しきれない金額がある場合は、市県民税の均等割へ充当し、充当しきれない金額を還付（地方団体の徴収金に未納がある場合は未納金に充当）されることになります。
