仏教が伝来したとき異教として争いはあったが、それ以来手厚い保護をうけて発展してきたと云うことができる。神道が宗教としての組織をもたないこともあって本地垂迹説により神仏混淆の状態がつづいたのである。

「それ仏陀は神明の本地、神明は仏陀の垂迹なり、本あらざれぱ迹たることなく、迹にあらざれぱ本をあらわすことなし。神明と云い、仏陀と云い、表となり、裏となりて互に利益をほどこし、垂迹と云い、本地と云い、権となり実となりてともに済度をいたす」(諸神本懷集)と説いたのである。

仏教の各宗派それぞれ神道論をとなへたが、神の本地は釈迦であることには変りはない。天照大神も所詮は仏陀の化身であると説いたのである。だから寺院の中に神社が建立されていった。北畠親房の「大日本は神国なり」(『神皇正統記』)と云う思想もあらわれ、徳川時代になると儒学の奨励から神儒習合となり、仏教排斥の思想も一部に唱えられるようになった。また一方ではキリスト教の流入によって、これが排斥のために宗門改めが行なわれるようになると、仏教の保護政策をとる形となった。国民全体が仏教徒になることを強制したのであった。

幕末に及んで勤皇思想が勃興するようになると、国学者は仏教排斥を唱えた。幕府と一体となってきた仏教を排することは人心を一新することにもつながるとし、また日本は神国なりとする思想は天皇と神道を結合することによって政治的地位を確固不動のものとしようとしたのである。しかし古来から神道と仏教は混淆されているのでまづ神仏分離を必要とした。

慶応４年(１８６８)３月まづ神仏分離令を発し、神祗官を設けて、神社およぴ神官をこれに配属することとし、仏像を神体とすることを禁じ、社前の仏像、仏具の取除きを命じたのである。これがいわゆる廃仏毀釈運動である。同年４月１日には比叡山坂本の日吉(ひえ)神社で平田派の国学者で社司であった樹下茂国は実力をもつて神体の仏像、僧像をはじめ経巻、法器などを破毀したのみでなく焼きすてた。それを手始めに全国各地の神仏混淆の社寺では仏堂、仏像、仏具などを取り払ったのである。信州松本藩では９２か寺のうち８３か寺を廃止、佐渡ヶ島では５００余の寺を８０か寺に合寺するように命じた。従って僧侶で還俗を希望するものはすぺて神職として救済したのである。廃仏毀釈によって三河、石見、越前、薩摩などで反対運動が起ると共にキリスト教徒も信教自由の運動を展開することになり、明治８年(１８７５)１１月信教自由の通達が出されるに至った。かくて廃寺の寺も再興願によって許可されているが、仏像をはじめ文化財や諸記録類の滅失による損失は計り知ることができない。

土佐の寺院は信徒の寄附によって経営されるものは少なく、少し大きな寺では造営は藩よりなされ寺領寺床もみな給附せられていたのであるが、廃藩置県となって寺領は廃せられ造営は禁止されたので、寺院を維持する方法はなくなった。僧侶は還俗して神職となり、先祖祭を神式に改めることとなった。

仏像なども取り捨られたものが多かったというが、安政元年(１８５４)１２月２５日の太政官符には寺院の梵鐘は古来よりの名器を除きすべて鋳つぶして大砲とすべし、ということで廃寺のときにはいくらもなかったという。その前年嘉永６年(１８５３)２月には銅鉄類回収令が出されていたのである。

一、古銅類　 壱貫匁に付代八銭三十二匁九分替

一、古鍋鉄類　 拾貫匁に付代八銭三十八匁替

これは海防手当のため、至急火砲鋳造をせまられているので、土佐郡石立村の火筒鋳立場へ持ち出せ、代銭は現金にて支払うというのである。第二次世界大戦に際して各家庭の鉄を強制的に回収して武器を製造したと同じことが幕末にもあったことを知るのである。

土佐で廃寺となったものは『高知県史要』によれぱ４３９ヶ寺とあり、『南路志翼』に廃寺届をのせたるもの真言宗１８６ヶ寺、曹洞宗９８ヶ寺、真宗８ヶ寺、日蓮宗六ヶ寺、禅宗３ヶ寺で総計３０１ヶ寺に及べり(『明治維新神仏分離史料』)とある中から宿毛市関係の寺を採録する。

右各寺廃寺の儀は、旧藩改革の節神式御開きにつき一円廃仏の御趣意に候。よって至急廃寺を願出づぺしと御教諭を蒙り一同恐察奉りやむを得ざる事により願を以て廃号相蒙り候間右のわけ上申仕候なり。(明治８年４月２日。)

以上は明治４年に廃寺となったものを再調査したものと考えられることは「現存仕り候」と云うものもあり、「区区相わかちがたく」明治８年に確認したものであろう。以上の通り宿毛市の寺も多く廃寺となったが妙栄寺と清宝寺は廃寺届を出さなかったものと見える。「ひとり真宗のみは依然として存在し他宗の廃寺によりて憎徒は真宗にあつまり来りたるを以て、従来の維持に窮したるものといえども挽回に赴きたり」(『明治維新神仏分離史料』)と記されている。それが明治８年の信教自由の令によって廃寺願を出したものも、願により再興されることになった。

　　　　　 中興明俊僧正

　　　　　 法眼和尚　 正応３年頃保持なり

　　　　　 権律師明尊　　　　応永２年頃

　　　　　 律師良尊　　　　 　同１８年頃

　　　　　 権律師正尊　　　　同２６年頃

　　　　　 権大僧都清重　　 大永５年頃

　　　　　 権大僧都頼遍　　 天文１６年頃

　　　　　 南尊上人　　　　 　天正１９年冬田ノ浦村飯積寺より入院なり、南光坊の祖なり、
　　　　　　　　　　　　　　　　　　慶長３年（１５９８）１０月延光寺にて遷化

　　　　　 法印宗院　　 　　　慶長３年より慶安４年（１６５１）まで住職、同年３月遷化

是までは修験兼帯なり、南尊当寺へ入院のわけは南光院日記にあり。宗院以後は、延光寺と南光院と各別々に相立つなり」(『南路志』)「当寺はもと足摺山の末寺なり、今は安並村石見寺末なり」とある。清和天皇の頃宮廷の左近桜、右近橘が枯死せんとするとき明俊僧正と金剛福寺の南仏上人が勅詔によって参内祈祷の結果枯死せんとした名木が蘇生した。天皇叡感斜ならずその祈祷したところの不動明王の画像を賜ったと伝へ明俊の拝領したという不動画像は延光寺の宝物として保存されている。金剛福寺の南仏上人はその後中村市の坂本に住し、南仏堂で示寂すると云う。明治４年神仏分離のため廃寺となったが、明治２２年に再興された。

　　　　 覚扣

　一、金三両、栄順院様御金の内

　　右野中氏御菩提の永々供養、祠堂金として妙栄寺浄土寺へ
　　　 遣わされ候につき御役場へ相渡し始末請取置候

　　　 寛政元酉年７月７日　時岡又四郎

　 とあり、娘達は浄土寺へ祭られていたことが明らかになった。
　　　浄土寺は昭和４６年５月与市明に移転した。

　　　　　 覚

　 一、三反　 屋敷共に　 三原之庄屋

　 一、二反　　　　　　　　　郷之庄屋、主馬玄蕃

　 一、二反　　　　　　　　　山田庄屋右京

　 一、一反　　　　　　　　　横瀬之庄屋

右の分扶持せしめ候間両人見はからい遣すべく候

　　　９月２９日　　　　　　　　　　　　　　一豊花押

　　　　 青木忠兵衛殿

　　　　 樟　 衛門七殿

外に寺付田畑二反廿一代、堂床地二代(矢倉帳に御引地とあリ)、
　 堂寺付山林藪３ヶ所(南路志)

　　　明治４年石見寺末であったが廃寺となり、のち再興して高野寺末となった。