明治４年の廃藩置県によって地方的な封建性は打ち破られ、水産業でも自由競争となり、一定の税を納めれぱ海へ出て漁をすること、漁獲物を勝手に販売することなどは個人に任されたが、漁場の専用を主とした操業関係は依然として続いていた。

漁業は田畑などと違い、海中に自然に生息している物を捕獲する職業であるため、地先水面などで捕り過ぎると、自然界の均衡が破壊され荒廃につながるので、昔から色々と制限が加えられ火光利用さば釣りを禁じたり、他国人の入漁を許可制にして制限したりした。しかし明治１０年の西南戦争、それに続く松方デフレ政策等の影響で漁村も極度の不況に陥った。そこで漁業秩序を無視した乱獲なども始まり、漁業紛争等もおこった。明治１０年の愛媛県久良浦と鵜来島部落の間に起ったムロ網網代あじろ(姫島)の例がある。(『城辺町誌』)そこで明治１９年漁業組合準則が発布され、漁業秩序の回復を図る目的で施行された。

この準則は今までの慣行を受け継ぐことを主旨として漁業組合を設立させ、これに指導的役割を持たしたところに特徴があった。又組合を設立する時管轄庁の認可制の確立、捕魚採草の季節の制限、漁具、漁法及び採藻の制限、更に漁場区域の確定等を行なった。この準則を受けて高知県には明治２０年４月に海面漁業組合ができ、県下を１１小区に分け、宿毛湾付近は１１小区となり、各浦には従来の海面が所有されることとなった。

明治３４年漁業法が公布され、その後各地に漁業組合が設立されると共に専用漁業権が免許となった。又漁業振興の上から明治３４年５月には高知県水産試験場が設立された。

明治４３年には漁業法の改正があり、沿岸漁業の秩序を規制する漁業権制度、遠洋漁業の秩序を規制する警察許可制度、資源保護のための漁業警察制度等が確立された。

幡多郡には明治４４年８月、幡多郡漁業組合連合会ができ、次いで大正１０年１２月２０日これに代るものとして幡多郡水産会ができた。昭和１８年には戦時統制機関として漁業会が組織され魚の配給や燃料の配給等を行なった。

戦後日本の経済民主化の一環として、漁業制度改革が実施され漁業会は解散となった。それに伴って昭和２３年４月水産業協同組合法、次いで２４年１２月新漁業法ができ漁業協同組合が設立されることとなった。この漁業法は従来の封建性を打破するために、民主的な漁業権の確立、漁場計画、生産の共同化、経営の多角化などを目差すものである。新漁業法に伴って政府が旧漁業権を買い上げそれに伴う補償を行うと同時に新漁業権の設定を行なった。新漁業法では漁業権の賃借、売買が禁止された。漁業権の設定や変更その他漁業調整に関する事項は、漁業調整委員会で行なうようになった。

昭和２６年９月に高知県漁業調整規則、これと同時に高知県内水面漁業調整規則も制定された。２７年３月には小型底引漁業が急増したので、一本釣漁業やはえなわ漁業に対する影響を少なくするためと、資源確保のために高知県小型機船底曳網漁業調整規則を作った。昭和３３年４月高知県漁業調整規則の改正を行い、機械船によるしらす採捕漁業が許可漁業となったが、昭和３７年以降は全廃された。しかし昭和４１年以降再び許可漁業となった。

昭和４１年９月漁業法の全面改正が行われ、全国的な調整規則の統一という線にそって、高知県は昭和４８年３月新たに高知県漁業調整規則を作った。